Protetta dalla folta vegetazione che costeggia il canale del Fano lungo la dorsale orientale, la cripta risulta quasi invisibile ad un'occhiata fugace. Di piccole dimensioni (2,70×3,20 m), probabilmente destinata ad una ristretta cerchia di monaci bizantini, il luogo di culto interamente scavato nel banco roccioso si compone di due ambienti: una cella, dove i partecipanti alle celebrazioni religiose potevano prendere posto su due sedili ricavati lungo le pareti laterali, ed un'abside separata dalla cella da un tramezzo in pietra che raggiunge il soffitto  fiancheggiata da due finestrelle. Al centro della prima cella una piccola fossa forse conteneva i resti di uno di questi monaci. Restano pochi resti di decorazione pittorica che permettono di riconoscere il Santo Pantaleone.