L’interno della chiesa, di modeste dimensioni (7 x 7 m), ha pianta ad aula unica ed è a doppia abside, esempio più unico che raro nel Salento. All'interno sulla parete frontale e sulle absidi, si notano strati di affreschi e graffiti del periodo bizantino (XI-XII sec.) gravemente deteriorati. Nell’abside di sinistra, tra gli affreschi più antichi e bizantineggianti, è raffigurato S. Giovanni Battista, precursore della venuta del Messia, riconoscibile per l’iscrizione in greco inserita in un cartiglio “Io sono la voce di colui che grida nel deserto”; nell’abside di destra, sovrapposti a immagini più antiche, sono riconoscibili affreschi più recenti, probabilmente collocabili tra XVI e XVII secolo: al centro un Cristo Pantocratore, a destra un santo francescano e a sinistra un santo vescovo. In ultimo, lungo la parete nord si riconosce San Nicola di Myra e ciò che resta di un probabile ciclo nicolaiano. Accanto alla chiesa è un frantoio ipogeo realizzato tra XVI e XVIII secolo e abbandonato agli inizi del Novecento. Al frantoio si accedeva attraverso una scala, voltata a botte, lungo la quale erano collocate le vasche per il deposito delle olive in attesa della molitura, le cosiddette "sciave". Nell’ambiente successivo si eseguiva la spremitura, ricorrendo all’impiego di tre torchi a due viti del tipo "alla calabrese". Si è ipotizzato che il frantoio fosse in origine una cripta rupestre più antica dell'edificio sacro che gli sorge a fianco.