Risalente al IX secolo d.C., la cripta, collocata sotto l’omonima cappella risalente al XIV secolo, si trova nell'ex grancia dei Carmelitani. E' costituita da un vano quadrangolare con affresco, nella nicchia opposta all'ingresso, di Santa Marina del 1400; su tutte le pareti si notano tracce di colore di antichi affreschi, ormai definitivamente perduti. A sinistra dell’ingresso insistono due piccoli vani, uno dei quali completamente affrescato con immagini tipiche dell’iconografia Bizantina: Santa Caterina d'Alessandria, San Nicola rappresentato secodo i canoni iconografici orientali, un Santo Anonimo che reca in mano un sigillum, l'Arcangelo Gabriele. La cripta riveste notevole importanza per la presenza della “Dormitio Virginis” del XII secolo: la vergine è adagiata su un letto a baldacchino con gli apostoli intorno e in alto il Cristo mentre riceve tra le mani l'anima della madre sottoforma di infante avvolto in fasce.