L’attuale facciata della chiesa è il risultato di numerosi rimaneggiamenti susseguitisi fino al Novecento. L’interno, al contrario, è un'esplosione di arte barocca con splendidi altari con colonne tortili finemente scolpiti e tele, come la seicentesca Visione di San Francesco di Frate Angelo da Copertino, che adornano la grande navata. La navata, insieme al coro, sono il risultato di una serie di interventi avvenuti in tempi diversi. Il coro, infatti, distrutto nel dicembre del 1931 da un incendio, fu ripristinato solo nel 2004 con un'opera in noce boliviano dell'artigiano Giuseppe Valente di Miggiano. La chiesa ospita pregevoli altari barocchi in pietra leccese dedicati a San Nicola (1653), al Crocifisso (1683), all'Immacolata(1781) e a San Vito (1807). La statua in pietra leccese di San Nicola ha come emblema il bastone pastorale e tre sacchetti di monete in relazione alla leggenda di una dote concessa a tre fanciulle che altrimenti sarebbero state avviate alla prostituzione a causa della povertà. Suggestivo anche il Crocefisso ligneo dello scultore Giuseppe Stuflesser di Ortisei, posizionato al centro della parete di fondo dell’abside. Tra le tele presenti nella chiesa si riconoscono anche il Cristo Risorto sul Lago di Galilea, La moltiplicazione dei pani e dei pesci e Le nozze di Cana, tutte opere ambientate nel tipico paesaggio salentino. Di notevole importanza anche le decorazioni e gli stucchi della volta antistante il presbiterio realizzate nel 1704 da Cesare Penna Il Giovane. Di particolare rilievo è l'organo del 1628, opera del comasco Giovanni Battista Olgiati e di Tommaso Mauro di Muro Leccese. Acquistato per volere di don Francesco Maria Alamanni, l’organo è posto in alto lungo la parete sinistra della chiesa, ha una cassa di forma rettangolare in legno intagliato e dorato sormontata da un frontone spezzato. Molto eleganti sono le decorazioni costituite da motivi geometrici, vegetali e figure di putti alati. Composto di 393 canne metalliche tutte martellate a mano, è l’organo funzionante più antico della Puglia e fra i più antichi d’Italia.