La cripta, interamente scavata nella roccia tufacea, è il risultato di modifiche e aggiunte nella pianta e nell'architettura, come dimostrano le due colonne circolari del XVI secolo con capitello dorico, l'aggiunta di un altare sulla parete orientale, sovrastato da un affresco seicentesco raffigurante la Crocifissione (da cui il nome della cripta), un lucernaio creato successivamente e l'occlusione dell'ingresso originario a ovest. Si accede mediante una porta a nord, cui fa seguito una scalinata voltata a botte che conduceverso il vano ipogeo. L'ingresso è arricchito da una lunetta affrescata con la scena della Sacra Famiglia. All'interno le pareti e il soffitto sono ricoperti da affreschi datati tra il XIII e il XVII secolo, accompagnati da iscrizioni in greco e in latino. Il ciclo pittorico più antico (XIII secolo) comprende l' Annunciazione, il Cristo Pantocratore, la Vergine della tenerezza, la Madonna in trono e San Nicola degli inizi del XIV secolo. Sul soffitto sono dipinti scudi crociati alternati a scudi con croce nera, simbolo dei cavalieri Teutonici, e a scudi con croce rossa, simbolo dei cavalieri Templari. Sempre sul soffitto vi sono anche affrescate stelle, motivi vegetali e animali reali e fantastici, come la grande Idra, una figura della mitologia greca.