La cripta, oggetto di un recente restauro, fu costruita da monaci italo-greci nel IX secolo, all'interno di un complesso costituito da fattoria-convento, dipendente dall'Abbazia di Santa Maria de Amito.  Si accede al vano ipogeo tramite due scale che conducono ad uno spazio scavato nella roccia e di modesta altezza, ritmato dalla presenza non ordinata da pilastrini in muratura e da colonne di foggia varia, la maggior parte dei quali ricavati dal banco roccioso naturale, altre dovuti a recenti restauri. La struttura si articola intorno ad un vano centrale quadrato, visibile all'esterno tramite un alzato con campanile a vela. Lo spazio centrale è occupato da un presbiterio con pilastri ottagonali e balaustra, al cui interno un altare settecentesco con al centro una Madonna bizantina. Lungo le pareti perimetrali si notano tracce di altari, fori e archi occlusi; secondo la tradizione popolare si ripartiva da qui un cunicolo che portava al cenobio di S. Maria del Mito, da cui il complesso dipendeva. Lungo le pareti si possono ancora osservare tracce di affreschi, recentemente restaurati. Vicino all'ingresso è una Crocifissione con la Vergine e San Giovanni. La parete settentrionale conserva il maggior numero di affreschi disposti in due differenti strati e ascrivibili al XVI secolo circa. Il gruppo è costituito da quattro riquadri in cui sono rappresentati una Santa, due scene più grandi e un’altra Santa. La prima figura regge con la mano sinistra la palma del martirio e con la destra protegge una torre. Vicino alla testa della Santa si può leggerne il nome “Barbara”. Segue una figura femminile con la palma del martirio e un vassoio con gli occhi nell'altra mano, da identificare come Santa Lucia. Durante il restauro su questa parete, è venuta alla luce una rappresentazione inizialmente interpretata come la morte di San Bonaventura, raffigurante una Dormitio Virginis secondo i canoni tradizionali. Al di sotto di questo affresco ne è chiaramente visibile uno più antico relativo allo stesso soggetto. L’ultima figura, identificata tramite l’iscrizione come Maria Maddalena, porta nelle mani un calice chiuso da un coperchio conico.